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遠(yuǎn)慕實(shí)驗(yàn):動(dòng)物組織中DNA的制備
點(diǎn)擊次數(shù):700 更新時(shí)間:2022-04-25

  (一)原 理

DNA是所有生物體的基本組成物質(zhì)。真核生物DNA主要存在于細(xì)胞核中。制備DNA時(shí)應(yīng)將細(xì)胞核膜打破方能釋放出來(lái)。

細(xì)胞中的DNA和RNA分別與蛋白質(zhì)相結(jié)合,形成脫氧核糖核蛋白及核糖核蛋白。在細(xì)胞破碎后,這兩種核蛋白將混雜在一起。因此,要制備DNA首先要將這兩種核蛋白分開(kāi)。已知這兩種核蛋白在不同濃度的鹽溶液中具有不同的溶解度,如在0.15mol/L NaC1的稀鹽溶液中核糖核蛋白的溶解度最大,脫氧核糖核蛋白的溶解度則最小(僅約為在純水中的1%);而在l mol/L NaCl的濃鹽溶液中,脫氧核糖核蛋白的溶解度增大,至少是在純水中的2倍,核糖核蛋白的溶解度則明顯降低。根據(jù)這種特性,調(diào)整鹽濃度即可把這兩種核蛋白分開(kāi)。因此,在細(xì)胞破碎后,用稀鹽溶液,反復(fù)清洗,所得沉淀即為脫氧核糖核蛋白成分。

分離得到的脫氧核糖核蛋白,用十二烷基硫酸鈉(SDS)使蛋白質(zhì)成分變性,讓DNA游離出來(lái),再用含有異戊醇的氯仿沉淀除去變性蛋白質(zhì)。最后根據(jù)核酸只溶于水而不溶于有機(jī)溶劑的特點(diǎn),加入95%的乙醇即可從除去蛋白質(zhì)的溶液中把DNA沉淀出來(lái),獲得產(chǎn)品。

當(dāng)細(xì)胞破碎時(shí),細(xì)胞內(nèi)的脫氧核糖核酸酶(DNase)立即開(kāi)始降解DNA,如果在破碎細(xì)胞后不及時(shí)采取抑制酶活的措施,最后將會(huì)得不到任何DNA。為此,如在本實(shí)驗(yàn)中加入檸檬酸鹽、EDTA等螯合劑以除DNase必需的Mg2+離子,使DNase活性降低,并要求整個(gè)分離制備的過(guò)程均在4℃以下進(jìn)行,以減少DNase的降解作用,最后加入SDS使所有的蛋白質(zhì)(包括DNase)變性。當(dāng)然如果希望獲得更大分子的DNA時(shí),則在細(xì)胞破碎后,及時(shí)加入SDS使蛋白質(zhì)(包括DNase)變性,并加入蛋白酶K,降解所有的蛋白質(zhì)成為碎片或氨基酸,及時(shí)阻止DNase的降解作用。

DNA分子很大、很長(zhǎng),在水中呈黏稠狀,但DNA鏈的雙螺旋結(jié)構(gòu)不宜小角度的折疊,使之DNA分子具有剛性,即分子是僵直的(stiff),小角度的折疊和壓擠等剪切力,將使DNA斷裂成碎片。為保證獲得大分子DNA,操作時(shí)應(yīng)避免急裂振搖,或過(guò)大的離心力。轉(zhuǎn)移吸取DNA時(shí)不可用過(guò)細(xì)的吸頭,不可猛吸猛放,更不能用細(xì)的吸頭反復(fù)吹吸。

大分子DNA的水溶液呈黏稠狀,可以用玻璃棒纏起來(lái)。液體DNA只要防止DNase污染和高鹽濃度條件下能在液體狀態(tài)保存;抽干后的固體DNA,性質(zhì)穩(wěn)定,可長(zhǎng)期保存。

生物體內(nèi)各部位的DNA是相同的,但取材時(shí)以含量豐富的部位為主,如動(dòng)物的肝臟、脾、腎、血液、精子等。所有材料,必須新鮮及時(shí)使用,或放入-20℃冰箱或液氮冷凍保存。

DNA的含量及純度可用紫外吸收法、定磷法及化學(xué)法等測(cè)定。

(二)試劑及器材

(1) 0.15mol/L NaCl – 0.015mol/L pH7.0檸檬酸鈉溶液:稱(chēng)取8.77g NaCl,4.41g檸檬酸三鈉(Na3C6H507 · 2H20),用約800ml蒸餾水溶解后,調(diào)節(jié)pH至7.0,最后定容至1 000ml。

(2) 0.15mol/L NaCl – 0.1mol/L EDTANa2溶液:稱(chēng)取8.77g NaCl,37.2g EDTANa2溶于約800ml蒸餾水中,以NaOH調(diào)pH至8.0,最后定容至1 000ml。

(3) 5%(W/V)十二烷基硫酸鈉(SDS)溶液:稱(chēng)取5g SDS溶于45%(V/V)100ml的乙醇中。

(4) 氯仿– 異戊醇溶液:按氯仿:異戊醇=24:1配制。

(5) pH8.0 TE緩沖液或0.01mol/LNaOH:120mol/L Tris–HCl,lmol/L EDTANa2。或取NaOH 0.4g加蒸餾水至1 000ml。

(6) 95%(V/V)乙醇1 000ml。

(7) 75%(V/V)乙醇1 000ml。

(8) 組織搗碎機(jī)。

(9) 玻璃勻漿器。

(10) 冷凍離心機(jī)。

(11) 冰、粗鹽。

(三)操作

(1) 本實(shí)驗(yàn)以兔肝臟作材料(其他動(dòng)物肝臟也可以)。實(shí)驗(yàn)前應(yīng)將兔饑餓24h以上,以避免糖原的干擾。

(2) 用燒杯(500m1)放1/3體積的冰,加入少量水及約20g食鹽,制成冰鹽水。

(3) 將經(jīng)過(guò)饑餓的兔頸部放血致死,迅速開(kāi)腹取出肝臟,稱(chēng)取約10g浸入預(yù)先在冰鹽水中冷卻的0.15mol/L NaCl–0.015mol/L檸檬酸鈉溶液中。除去脂肪、血/塊等雜物;再用少量溶液反復(fù)洗滌幾次,直至組織塊無(wú)血為止。

(4) 將洗凈的組織剪成碎塊。先加入20m1 0.15mol/L NaCl–0.015mol/L檸檬酸鈉溶液,放在組織搗碎機(jī)中迅速搗成勻漿,再放入玻璃勻漿器中勻漿2~3次,使細(xì)胞充分破碎。最后加入0.15mol/L NaCl–0.015mol–L檸檬酸鈉溶液至50ml。

(5) 勻漿液在4℃ 6 000r/min離心15min,棄上清。在沉淀中加入4倍體積冷的0.15mol/L NaCl–0.015 mol/L檸檬酸鈉溶液,攪勻,按上述條件,離心棄上清。如此重復(fù)操作2~3次,盡量洗去可溶的部分(目的是什么?)。最后棄去上清,留沉淀。

(6) 將沉淀物(約5m1)懸浮于5倍體積的pH8.0,0.015 mol/L NaCl–0.1 mol/L EDTANa2溶液中,攪勻,而后邊攪拌邊慢慢滴加5%SDS溶液,直至SDS的最終濃度達(dá)1%為止(應(yīng)加多少毫升?),此時(shí)溶液變得十分黏稠,若不黏稠應(yīng)重做,然后,加入固體NaCl使最終濃度達(dá)l mol/L。繼續(xù)攪拌30~45min,以確保NaCl全部溶解,此時(shí)可見(jiàn)溶液由稠變稀薄。

(7) 將上述混合溶液倒于一個(gè)300ml的帶塞三角瓶中,加入等體積的氯仿– 異戊醇,振蕩10min。在室溫3 000r/min離心10min(為什么可以在室溫操作?),此時(shí)可見(jiàn)離心液分為3層:上層為水溶液,中層為變性蛋白塊,下層為氯仿– 異戊醇。小心吸取上層水相,記錄體積,放入三角瓶中,向水相中,再加入等體積氯仿– 異戊醇,振蕩,離心,如此重復(fù)抽提2–3次,除凈蛋白質(zhì)。

(8) 最后1次離心后,小心吸取上層溶液(不要吸取下層氯仿),記錄體積,放入干燥小燒杯中,加入2倍體積預(yù)冷的95%乙醇。加時(shí),用滴管吸取乙醇,邊加邊用玻璃棒慢慢順一個(gè)方向在燒杯內(nèi)轉(zhuǎn)動(dòng),隨著乙醇的不斷加入可見(jiàn)溶液出現(xiàn)黏稠狀物質(zhì),并能逐步纏繞于玻璃棒上,此時(shí)玻璃棒攪動(dòng)的目的在于把黏稠絲狀物纏在玻璃棒上,直至再無(wú)黏稠絲狀物出現(xiàn)為止。黏稠絲狀物即是DNA。

(9) 將所得的DNA從玻璃棒上取下,用75%乙醇洗2次,置于干燥器中抽干,稱(chēng)取重量,計(jì)算產(chǎn)率。

(10) 按200μg/ml的濃度稱(chēng)取一定量DNA,溶于0.01 mol/L NaOH溶液或pH8.0 TE緩沖液中(干燥DNA不易溶解,應(yīng)在測(cè)定前幾天預(yù)先溶解)。

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