限制性核酸內切酶（以下簡稱限制酶）：限制酶主要存在于微生物（細菌、霉菌等）中。一種限制酶只能識別一種特定的核苷酸序列，并且能在特定的切點上切割DNA分子。是特異性地切斷DNA鏈中磷酸二酯鍵的核酸酶（“分子手術刀"）。發現于原核生物體內，現已分離出100多種，幾乎所有的原核生物都含有這種酶。是重組DNA技術和基因診斷中重要的一類工具酶。例如，從大腸桿菌中發現的一種限制酶只能識別GAATTC序列，并在G和A之間將這段序列切開。目前已經發現了200多種限制酶，它們的切點各不相同。蘇云金芽孢桿菌中的抗蟲基因，就能被某種限制酶切割下來。在基因工程中起作用。
DNA連接酶：主要是連接DNA片段之間的磷酸二酯鍵，起連接作用，在基因工程中起作用。基因工程中，大腸桿菌連接酶只連接黏性末端，而T4連接酶既可連接黏性末端，又可連接平末端。
DNA聚合酶：主要是連接DNA片段與單個脫氧核苷酸之間的磷酸二酯鍵，在DNA復制中起作用。
DNA聚合酶只能將單個核苷酸加到已有的核酸片段的3′末端的羥基上，形成磷酸二酯鍵；而DNA連接酶是在兩個DNA片段之間形成磷酸二酯鍵，不是在單個核苷酸與DNA片段之間形成磷酸二酯鍵。
DNA連接
DNA聚合酶是以一條DNA鏈為模板，將單個核苷酸通過磷酸二酯鍵形成一條與模板鏈互補的DNA鏈；而DNA連接酶是將DNA雙鏈上的兩個缺口同時連接起來。因此DNA連接酶不需要模板。RNA聚合酶（又稱RNA復制酶、RNA合成酶）的催化活性：RNA聚合酶以完整的雙鏈DNA為模板，轉錄時DNA的雙鏈結構部分解開，轉錄后DNA仍然保持雙鏈的結構。真核生物RNA聚合酶：真核生物的轉錄機制要復雜得多，有三種細胞核內的RNA聚合酶：RNA聚合酶I轉錄rRNA，RNA聚合酶II轉錄mRNA，RNA聚合酶III轉錄tRNA和其它小分子RNA。在RNA復制和轉錄中起作用。
反轉錄酶：RNA指導的DNA聚合酶，具有三種酶活性，即RNA指導的DNA聚合酶，RNA酶，DNA指導的DNA聚合酶。在分子生物學技術中，作為重要的工具酶被廣泛用于建立基因文庫、獲得目的基因等工作。在基因工程中起作用。
解旋酶：是一類解開氫鍵的酶，由水解ATP來供給能量它們常常依賴于單鏈的存在，并能識別復制叉的單鏈結構。在細菌中類似的解旋酶很多，都具有ATP酶的活性。大部分的移動方向是5'→3'，但也有3'→5'移到的情況，如n'蛋白在φχ174以正鏈為模板合成復制形的過程中，就是按3'→5'移動。在DNA復制中起做用。
DNA限制酶作用于磷酸二酯鍵
DNA連接酶作用于磷酸二酯鍵
DNA聚合酶作用于磷酸二酯鍵
DNA解旋酶作用于氫鍵
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