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重組蛋白質抗原上往往帶有多個不同的抗原決定簇，其中有些是順序決定簇，有些為結構決定簇。利用變性的抗原免疫動物獲得多克隆抗體是針對各個抗原決定簇的抗體的混合物，在一般應用中能夠用于檢測天 然結構或變性的目標蛋白。 利用變性蛋白做為免疫原的一個附帶的好處是變性蛋白往往有更強的免疫原性， 能夠刺激動物產生強的免疫應答。

用做抗原目的的蛋白質一般選擇使用大腸桿菌表達體系，因為該體系時間與金錢成本最di。為了提高目標蛋白質表達的可能性與純化的方便性，人們有時只表達目標蛋白的一個小的片段，如特定的結構域。

蛋白質特定的結構域

如果制備抗體的目的單純用于 wb 檢測，采用合成的小肽作為抗原是經濟快速的，但是存在由于肽段選擇不合適造成的免疫原性弱或者無反應原性的風險，由于抗體制備需要較長的周期，因此利用多肽抗原制備抗體時，常常選取兩三段不同的肽段以保證實驗的成功率。

免疫用的多肽抗原純度要求大于80%，更高的純度雖然理論上可以獲得特異性更好的抗體，實際操作過程中動物總是要產生大量非特異性抗體，從而掩蓋了抗原純度所帶來的收益。

此外，用小片段多肽制備抗體時必須交聯到適當的載體抗原上以增強其免疫原性。 常見的有 KLH 與BSA兩種抗原載體。