微生物實驗室如果從事致病菌檢測、培養基質控驗收、方法驗證等相關工作，就應該備有質控菌株。實驗室需對使用的質控菌株進行規范性管理，以便有效地、安全地使用，保證實驗結果的準確性。
首先、實驗室應制定菌種管理制度
內容包括菌種申購、保管、領用、使用、傳代、存儲等方面的內容，質控菌種申購應由專人申購，保管由專人雙人雙鎖管理，領用及使用應填寫記錄，使用時應對菌種進行純度及生化特性進行菌種核查驗證并記錄，存儲應有專門的冰箱、超低溫冰箱進行存儲，使用完的菌株應按要求銷毀處理。
第二、實驗室可根據需求購買相應的標準菌株或商業派生菌株作為質控菌株
實驗室用質控菌種一般來自認可的國內或國外菌種保藏機構的標準質控菌株，或與標準菌株所有相關特性等效的可以溯源的商業派生菌株。要求包裝可靠，采集迅速，不泄漏不污染。保證菌種合格和環境安全。因此，需選擇有資質的標準菌株的合格供應商，每批標準質控菌株必須附帶有供應商的菌種質量證明證、檢測報告、說明書等，來證明所采購的標準質控菌株是合格的。收到菌種時應仔細閱讀菌種證明，核實到貨的菌種與申購的是否一致，包裝是否完整，注意保存條件及有效期，并將菌種放置相應的條件下進行儲存（一般在活化前儲存于4℃冰箱中）。核實后及時填寫菌種清單，菌種清單應包括菌種名稱、菌種編號、到貨日期、儲存條件、購買數量、領用日期、領用人、銷毀日期等。
第三、實驗室需對標準菌種活化、確認、傳代保藏、使用、銷毀進行記錄。
記錄內容包括質控菌種名稱、菌種編號、到貨日期、菌種完整性、菌種活化日期、活化方法（主要包括活化使用的培養基及培養溫度）、活化數量、確認方法結果、保藏條件，保存數量、領用人、傳代日期、傳代數量、菌種用途、銷毀日期等。菌種確認是在活化后對菌株純度、菌落形態（在選擇培養基上的典型菌落）、生化特性（如氧化酶試驗、三糖鐵試驗等）、表型分析（生化鑒定）進行核查并記錄，以保證菌種使用的有效性。
菌種保藏方法可依據標準SN/T2660-2010《食品微生物實驗室菌種保藏方法》進行保存。建議實驗室購買-80℃超低溫冰箱，選擇甘油保存法或瓷珠菌種保存管，瓷珠菌種保存管方法操作方便，保存時間較長。菌株使用過程中應在生物安全柜中進行，遵循無菌操作以防質控菌種污染。使用完的菌種應按生物安全要求，在121℃高壓滅菌30min，并做好菌種銷毀記錄。
